prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2016

• Can We Execute Reliable MM-PBSA Free Energy Computations of Relative Stabilities of Different Guanine Quadruplex Folds?

  ISLAM Barira STADLBAUER Petr NEIDLE Stephen HAIDER Shozeb ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2016, ročník: 120, vydání: 11, DOI

• Coarse-Grained Simulations Complemented by Atomistic Molecular Dynamics Provide New Insights into Folding and Unfolding of Human Telomeric G-Quadruplexes

  STADLBAUER Petr MAZZANTI L CRAGNOLINI T WALES DJ DERREUMAUX P PASQUALI S ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2016, ročník: 12, vydání: 12, DOI

• Comparative Assessment of Different RNA Tetranucleotides from the DFT-D3 and Force Field Perspective

  SZABLA Rafal HAVRILA Marek KRUSE Holger ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2016, ročník: 120, vydání: 41, DOI

• Conformations of Human Telomeric G-Quadruplex Studied Using a Nucleotide-Independent Nitroxide Label

  ZHANG Xiaojun XU Cui-Xia DI FELICE Rosa ŠPONER Jiří ISLAM Barira STADLBAUER Petr DING Yuan MAO Lingling MAO Zong-Wan QIN Peter Z.

  Článek v odborném periodiku

  Biochemistry, rok: 2016, ročník: 55, vydání: 2, DOI

• Derivation of Reliable Geometries in QM Calculations of DNA Structures: Explicit Solvent QM/MM and Restrained Implicit Solvent QM Optimizations of G-Quadruplexes

  GKIONIS Konstantinos KRUSE Holger ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2016, ročník: 12, vydání: 4, DOI

• Emergence of the First Catalytic Oligonucleotides in a Formamide-Based Origin Scenario

  ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří NOVÁKOVÁ Olga BRABEC Viktor ŠEDO Ondrej ZDRÁHAL Zbyněk COSTANZO Giovanna PINO Samanta SALADINO Raffaele DI MAURO Ernesto

  Článek v odborném periodiku

  Chemistry - A European Journal, rok: 2016, ročník: 22, vydání: 11, DOI

• Four Ways to Oligonucleotides Without Phosphoimidazolides

  ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří DI MAURO Ernesto

  Článek v odborném periodiku

  Journal of molecular evolution, rok: 2016, ročník: 82, vydání: 1, DOI

• Molecular Dynamics Simulation Study of Parallel Telomeric DNA Quadruplexes at Different Ionic Strengths: Evaluation of Water and Ion Models

  REBIČ Matúš LAAKSONEN Aatto ŠPONER Jiří ULIČNÝ Jozef MOCCI Francesca

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2016, ročník: 120, vydání: 30, DOI

• Non-Enzymatic Oligomerization of 3 ', 5 ' Cyclic AMP

  COSTANZO Giovanna PINO Samanta TIMPERIO Anna Maria ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří NOVAKOVA Olga ŠEDO Ondrej ZDRÁHAL Zbyněk DI MAURO Ernesto

  Článek v odborném periodiku

  Plos one, rok: 2016, ročník: 11, vydání: 11, DOI

• On the Use of Molecular Dynamics Simulations for Probing Allostery through DNA

  DRŠATA Tomáš ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr ŠPONER Jiří LANKAŠ Filip

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2016, ročník: 110, vydání: 4, DOI