doc. RNDr. Martin Falk, Ph.D.

Životopis

Identifikace osoby

• RNDr. Martin Falk, PhD.
  Narozen 14. května 1976 v Teplicích, Česká republika
  UČO 9835
  Telefon: +420-5-41517165, +420-728-084060
  e-mail: mfalk@seznam.cz falk@ibp.cz
  URL: https://is.muni.cz/osoba/9835#cv
  

Pracoviště

• Biofyzikální ústav AVČR, v.v.i.
  Královopolská 135
  612 65 Brno
  Česká Republika
  http://www.ibp.cz
  

Funkce na pracovišti

• Vedoucí výzkumného oddělení Buněčná biologie a radiobiologie

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2018: Státní zkouška zvláštní odborné způsobilosti k vykonávání činností zvláště důležitých z hlediska radiační ochrany, titul: Osoba s přímou odpovědností za zajištění radiační ochrany (Radiation Protection Officer) a Dohlížející osoba (Qualified Expert) na pracovištích s významnými zdroji ionizujícího záření
• 2008: Státní zkouška zvláštní odborné způsobilosti k vykonávání činností zvláště důležitých z hlediska radiační ochrany, titul: Osoba s přímou odpovědností za zajištění radiační ochrany (Radiation Protection Officer) a Dohlížející osoba (Qualified Expert) na pracovištích s významnými zdroji ionizujícího záření
• 2004: doktorské studium, obor Molekulární a buněčná biologie, titul Ph.D., disertační práce "Hypotézy o vztahu mezi strukturou chromatinu vyššího řádu a expresí genů", Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně
• 2003: doktorské studium, obor Molekulární biologie a genetika, titul RNDr., rigorózní práce "Metodické možnosti stanovení počtu CTG/CAG opakování v trinukleotidových repeticích lidského genomu", Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně
• 2000: magisterské studium, obor Molekulární biologie a genetika, titul Mgr., diplomová práce "Patologické stavy podmíněné expanzí trinukleotidů. Molekulární diagnostika myotonické dystrofie", Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně a Oddělení lékařské genetiky Fakultní nemocnice Brno, Laboratoř molekulární genetiky
• 1998: bakalářské studium, obor Molekulární biologie a genetika, titul Bc., Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně
• 1995: maturitní zkouška, Gymnázium J. A. Komenského Dubí

Přehled zaměstnání

• 2011-dosud: Biofyzikální ústav AVČR Brno, vedoucí vědecké skupiny „Funkce, poškození a reparace chromatinu“
• 2009-2012: Fakultní nemocnice Brno, Ústav patologie, řešitel grantu (částečný úvazek)
• 2007-2010: Biofyzikální ústav AVČR Brno, vědecký pracovník
• 2004-2006: Biofyzikální ústav AVČR Brno, mladší vědecký pracovník
• 2001-2002: Přírodovědecká fakulta MU Brno, Katedra mikrobiologie, řešitel grantu (částečný úvazek)
• 2001-2003: Biofyzikální ústav AVČR Brno, Laboratoř molekulární cytologie a cytometrie s vysokým rozlišením (PGS student + plný úvazek)
• 1997-2001: Oddělení lékařské genetiky Fakultní nemocnice Brno, Laboratoř molekulární genetiky, vědecký pracovník

Pedagogická činnost

• Pravidelná výuka:
  
• 2007-dosud: F8270, Radiační biofyzika
• 2016-dosud: C9041 Structure and function of eukaryotic chromosomes
• 2016-dosud: XD100 Příprava disertační práce
• 2000-2001: Bi3061 Praktikum z obecné genetiky
  Přednášky v rámci předmětů:
  
• 2008-dosud: Bi8141, Molekulární fyziologie genomu
• 2008-2010: Bi7015, Chemické vlastnosti, struktura a interakce nukleových kyselin
  Další výuka a popularizační aktivity:
  
• Lektor na Šesté mezinárodní letní studentské škole o jaderné fyzice a akcelerátorech v biologii a medicíně (The Sixth International Summer Student School on Nuclear Physics Methods and Accelerators in Biology and Medicine), Ruská akademie věd, Dubna, Rusko, 2 - 12th July 2011 (v angličtině)
• Semináře výzkumných skupin BFU AVČR
• Přednáška ve výzkumném centru CIC Biogune Bilbao, Spain (pozvání od: Dr. Luis Antonio Parada, PhD., v té době The Cellular Biology and Stem Cells Unit of the Co-operative Bioscience Research Centre)
• Zvaná přednáška na Brunel University London (rok 2011, pozvání od: Dr. Rhona Anderson, PhD., Centre for Infection, Immunity and Disease Division of Biosciences Brunel University, Centre for Cell and Chromosome Biology)
• Přednáška na Univerzitě Palackého Olomouc – Význam struktury chromatinu v poškození a reparaci DNA, 2h (září 2012, pozvání od doc. RNDr. Ondřej Vladan, Ph.D.)
  Vedení závěrečných prací
  
• Bc. Daniel Depeš, “Radiosensitizing effect of metal nanoparticles in tumor therapy” (Radiosenzitizační efekt kovových nanočástic v terapii nádorů), Masaryk University, Faculty of Sciences, Brno, Diploma Thesis, 2016 (supervisor)
• Iva Falková, “Introduction of RNA fluorescence in situ hybridisation (RNA-FISH) for molecular-genetic diagnostics and research of the pathogenesis of myotonic dystrophy type I and II”, St. Elizabeth College of Health and Social Work in Bratislava, Dept. of Theoretical Disciplines, Laboratory Examination Methods and Dental Technology, Programme: Laboratory Examination Methods in Healthcare, Diploma thesis, 2009-2011 (supervisor-specialist)
• Mgr. Iva Falková, “Research on the roles of ribonuclear inclusions in molecular pathogenesis of myotonic dystrophy type I and II”. St. Elizabeth College of Health and Social Work in Bratislava, Dpt. of Theoretical Disciplines, Laboratory Examination Methods and Dental Technology, Programme: Laboratory Examination Methods in Healthcare, Rigorous thesis, 2011-2012 (supervisor-specialist)
• RNDr. Iva Falková, “The relationship between the higher-order chromatin structure, repair of DNA double strand breaks and mechanism of formation of chromosomal translocations relevant in carcinogenesis” (Vztah mezi strukturou chromatinu vyššího řádu, reparací dvouřetězcových zlomů DNA a mechanismem tvorby chromosomálních translokací relevantních z hlediska karcinogeneze), St. Elizabeth University of Healt and Social sciences, Bratislava (Vysoká škola zdravotníctva a sociálnej práce sv. Alžbety, Bratislava, Katedra teoretických disciplín, laboratorných vyšetřovacích metód a zubnej techniky), Disertation Thesis, 2012-2016 (supervisor-specialist)
• Mgr. Daniel Depeš, “Response of different cell types isolated from head and neck tumors to radiatiation damage of DNA” (Odpověď různých typů buněk izolovaných z nádorů hlavy a krku na poškození DNA vyvolané ionizujícím zářením), Masaryk University, Faculty of Sciences, Brno, Disertation Thesis, from 2016 (supervisor)
• Ing. Lucie Ježková, “DNA damage and repair upon action of ionizing radiation with different linear energy transfr” (Poškození a oprava DNA po působení ionizujícího záření s různým lineárním přenosem energie), University of Chemistry and Technology Prague, Faculty of Food and Biochemical Technology, Department of Biochemistry and Microbiology (Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Fakulta potravinářské a biochemické technologie, Ústav biochemie a mikrobiologie), Disertation Thesis (supervisor-specialist)
• Zita Sotorníková, “The correlation between biochemical, genetic and pathological findings in foetuses indicated for abortion” (Korelace biochemických, genetických a patologických nálezů u plodů indukovaných k umělému přerušení těhotenství), University of Pardubice, Institute of healthcare studies, Programme: Birth assistant, theoretical-practical, research bachelor thesis, 2001-2005, http://hdl.handle.net/10195/18574 (supervisor-specialist)
  Vedení stáží a kurzů:
  
• Lucie Dobešová, Mendel University, Brno, Faculty of Agronomy, Programme: Molecular Biology and Biotechnology, 19.6-30.6.2017, Bachelor practice (supervisor)
• Karina Blaženiaková, Mendel University, Brno, Faculty of Agronomy, Programme: Molecular Biology and Biotechnology, 18.7-29.7.2017, Bachelor practice (supervisor)
• Yuma Nagasaki, The Research Institute of Nuclear Engineering, University of Fukui, Tsuruga, Japan, November 2016, 1 week student visit (supervisor)
• Elena Baranova, Laboratory of Radiation Biology, Joint Institute for Nuclear Research/University Dubna, Dubna, Russia, one month student visit (May 2012) in the frame of her postgradual studies (supervisor)
• Ing. Lucie Ježkova, Institute of Chemical Technology Prague/JINR Dubna, one month student visit (September 2012) in the frame of her postgradual studies (supervisor)
• Mgr. Lenka Štefančíková, project OPVK - „Development of human resources in the field of cell biology, MŠMT OPVK CELLBIOL“ CZ.1.07/2.3.0030.0030, years 2012-2013 (supervisor)
• Mgr. Eva Pagáčová, Mentor in the project OPVK - „Development of human resources in the field of cell biology, MŠMT OPVK CELLBIOL“ CZ.1.07/2.3.0030.0030, years 2014-2015 (supervisor)
  Seznam učebnic a učebních textů:
  
• Klinická Radiobiologie (v tisku, kapitola o buňce + kapitola o poškození DNA ionizujícím zářením)
• Falk M., Lukasova E., Kozubek S. Repair mechanisms of DNA double-strand breaks – Biochemical and Spatio-Temporal Aspects, in Radiation Damage in Biomolecular Systems, Springer Science+Business Media (Eds.: G García, M Fuss), Dordrecht, Heidelberg, London, New York, 2012, p:329-359, ISSN 1618-7210, ISBN 978-94-007-2563-8, e-ISBN 978-94-007-2564-5, DOI 10.1007/978-94-007-2564-5_20
  Seznam popularizačních textů:
• Příspěvky do výročních zpráv Biofyzikálního ústavu AVČR v letech 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012: Institute of Biophysics. Academy of Sciences of Czech Republic. Research Reports (2006-2012), IBP AS CR, BRNO
  Seznam přehledových a vzdělávacích textů:
• Falk M. 2001. Myotonic dystrophy and trinucleotide expansions. Inf. listy společnosti J.G. Mendela, 23: 24-41 (article in Czech)
• Lukáš Z., Kroupová I., Bednařík J., Falk M., Fajkusová L., Sedláčková J., Valášková I., Voháňka S. 2007. Muscular biopsy in myotonic dystrophy in the era of molecular genetics. Cesk Slov Neurol N. 70/103(4):395-401
• Falk M., Lukasova E. and Kozubek S. 2010. Higher order chromatin structure in DSB induction, repair and misrepair. Mut Res Rev 704(1-3):88-100, DOI 10.1016/j.mrrev.2010.01.013
  Seznam projektů s vysokoškolskou a vzdělávací tematikou
  
• COST Action P9, Work Group 5, Radiation Damage in Biomolecular Systems, (Evropský projekt – European Cooperation in Science and Technology), 2004-2007, úspěšně ukončen (M. Falk jakožto národní delegát Management Committee za ČR)
• COST NanoIBCT MP1002, Nano-Scale Insights into Ion Beam Cancer Therapy, Evropský projekt – European Cooperation in Science and Technology), 2011-2014 (M. Falk jakožto národní delegát Management Committee za ČR)
• DNA double-strand break (DSB) repair and formation of chromosomal translocations in the context of higher-order chromatin structure and upon action of ionizing radiation of different quality. Projekt v rámci tematického plánu JINR pro výzkum a mezinárodní spolupráci (No.: 04-9-1077-2012/2014, Investigations of Induction and Repair Mechanisms After Action of Ionizing Radiation of Different Qualities), v řešení od 2012 (Řešitelé: A.E. Krasavin a M. Falk)
• Grant of the Government Plenipotentiary of CR, Chromatin structure modification and DNA repair pathways inhibition as tools to therapeutically increase or decrease cell survival upon the action of ionizing radiation of different quality. Projekt v rámci tematického plánu JINR pro výzkum a mezinárodní spolupráci (No.: 04-9-1077-2012/2014, Investigations of Induction and Repair Mechanisms After Action of Ionizing Radiation of Different Qualities), v řešení od 2012 (Řešitelé: A.E. Krasavin a M. Falk)
• Mentor v projektu OPVK - „Rozvoj lidských zdrojů pro oblast buněčné biologie“ CZ.1.07/2.3.00/30.0030, v řešení od 2012 (do 2015)

Vědeckovýzkumná činnost

• Celkové zaměření vědecké činnosti:
  
• Radiobiologie
  - radiační poškození buňky a chromatinu různými druhy záření
  - biologické účinky nízkých dávek ionizujícího záření, proces kancerogeneze obecně
  - tvorba a mechanismy reparace dvouřetězcových zlomů DNA (DSB)
  - změny struktury chromatinu vyššího řádu v místech DSB v průběhu reparace
  - chromozomální translokace a mechanismy jejich vzniku
  - význam DSB v maligní transformaci buňky a naopak léčbě nádorových onemocnění
  - senzitizace buněk k účinkům ionizujícího záření, radioprotekce
  - terapie nádorů iontovými svazky (Ion-Beam Cancer Therapy, IBCT)
  
• Molekulární biologie
  - funkční organizace buněčného jádra
  - struktura chromatinu vyššího řádu a její význam v regulaci jaderných procesů (transkripce, reparace DNA, replikace)
  - epigenetika
  - dynamika chromatinu a jeho interakce
  - choroby způsobené expanzemi trinukleotidových repetic
  - nové mechanizmy patogeneze akutní promyelocytární leukémie (APL) a dalších nádorových onemocnění
  Zahraniční a tuzemská vědecká spolupráce:
  
• Evropský onkologický institut, Milano, Itálie (Imaging Centre, IFOM-IEO Campus for Oncogenomics, prof. P.G. Pelicci, Dr. I. Dellino, Dr. Mario Faretta)
• Spojený ústav pro jaderný výzkum (Joint Institute for Nuclear Research, JINR), Dubna, Rusko (Laboratory of Radiation Biology, Prof. E.A. Krasavin)
• Institute of Molecular Sciences, Orsay (ISMO)/University Paris Sud, Paříž, Francie (The Biophysics and Biophotonic Group, Assoc. Prof. Sandrine Lacombe, Ph.D.)
• Kirchhoff-Institut für Physik, Heidelberg, Německo (Prof. Michael Hausmann)
• Penn State University College of Medicine, USA (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Prof. Sergey Grigoryev)
• Fakulta informatiky, Masarykova univerzita Brno, CR (Prof. Michal Kozubek, Dr. Pavel Matula, Dr. Petr Matula)
• Ústave biochemie a experimentální onkologie LF1 UK v Praze, CR (Doc. MUDr. Zdeněk Kleibl, Ph.D.)
• Univerzita obrany Brno, CR (Katedra radiobiologie, Fakulta vojenského zdravotnictví, Hradec Králové, Prof. Jiřina Vávrová)
  
• Fakultní nemocnice Brno (Ústav patologie, Prof. MUDr. Zdeněk Lukáš, CSc.)
  Tři nejvýznamnější práce
  
• Falk M., Lukasova E. and Kozubek S. 2010. Higher order chromatin structure in DSB induction, repair and misrepair. Mut Res Rev 704(1-3):88-100. Epub 2010 Feb 6. DOI 10.1016/j.mrrev.2010.01.013, IF=7,1 (IF  5-years = 7.78)
• Falk M., Lukasova E, Kozubek S. 2008. Chromatin structure influences the sensitivity of DNA to γ-radiation. Biochim Biophys Acta MCR 1783(12):2398-2414. DOI: 10/1016/j.bbamcr.2008.07.010, IF=6,9
• Falk M., Lukasova E., Gabrielova B., Ondrej V., Kozubek S. 2007. Chromatin dynamics during DSB repair. Biochim Biophys Acta 1773(10):1534-45, IF=6,9
  Tři nejvýznamnější citace prací autora
  
• Zink D., Fischer A.H., Nickerson J.A. 2004. Nuclear structure in cancer cells. Nature Reviews Cancer 4(9):677-687. IF = 37.545
  (týká se práce Lukášová et al. 2004. Topography of genetic loci in the nuclei of cells of colorectal carcinoma and adjacent tissue of colonic epithelium. Chromosoma 112(5):221-230)
• Roix J.J., McQueen P.G., Munson P.J., Parada L.A., Misteli T. 2003. Spatial proximity of translocation-prone gene loci in human lymphomas. Nature Genetics 34(3):287-291. IF = 35.532
  (týká se práce Kozubek et al. 2002. 3D Structure of the human genome: Order in randomness. Chromosoma 111(5):321-331)
• Blank M., Tang Y., Yamashita M., Burkett S.S., Cheng S.Y., Zhang Y.E. 2012. A tumor suppressor function of Smurf2 associated with controlling chromatin landscape and genome stability through RNF20. Nature Medicine 18(2):227-234. IF = 22.5
  (týká se práce Falk et al. 2008. Chromatin structure influences the sensitivity of DNA to γ-radiation. Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Cell Research 1783(12):2398-2414)
  
  >40 publikovaných (full extenso) článků, Kumulativní IF >110, citace =>630, h-index =13 (k 8.2018)
  
  Výzkumné projekty
  - M. Falk jako řešitel/spoluřešitel
  
• GA202/02/1361, Interactions of metal ions with Dnase immobilized at magnetic carriers (2002-2004). Úspěšně splněno – „Vynikající výsledky s mezinárodním významem“.
• COST Action P9, Work Group 5, Radiation Damage in Biomolecular Systems, (Evropský projekt – European Cooperation in Science and Technology) (2004-2007). Úspěšně splněno.
• GAČR 204/06/P349, Dynamic structure a function of the cell nucleus associated with DNA breaks (2006-2009). Úspěšně splněno - Vynikající výsledky s mezinárodním významem.
• GAAV IAA500040802, New mechanisms of oncoprotein action in genesis of promyelocytic leukemia (2008-2011). Úspěšně splněno.
• IGA MZ: NS 9877-4/2008, Expression of DMPK mRNA and DMPK protein in normal human tissues and presence of nuclear foci containing (CUG)n and (CCUG)n DMPK transcripts in tissues of myotonic dystrophy patients: the relationship with RNA-binding proteins (2008-2011). Úspěšně splněno (Řešitelé: Z. Lukáš, FN Brno Bohunice; M. Falk, Biofyzikální ústav AVČR Brno).
• COST NanoIBCT MP1002, Nano-Scale Insights into Ion Beam Cancer Therapy, Evropský projekt – European Cooperation in Science and Technology). V řešení od 2011 (do 2014, M. Falk národním delegítem Management Committee za ČR).
• MŠMT LD12039, Influence of higher-order chromatin structure on the mechanism of DNA double-strand break (DSB) repair and formation of chromosomal translocations invcells irradiated with gamma rays and medically potentially relevant ion beams. V řešení od 2012 (do 2014).
• 2016-2019 AZV (MZCR) 16-29835A – Molecular-genetic markers for prediction of radiotherapy response in head and neck cancer
• 2016-2018 Czech Science Foundation (GAČR) 16-12454S – Characterizing & modifying complex response of head & neck tumor cells to different radiations - a step forward to combined personalized radiotherapy
• DNA double-strand break (DSB) repair and formation of chromosomal translocations in the context of higher-order chromatin structure and upon action of ionizing radiation of different quality. Projekt v rámci tematického programu JINR pro výzkum a mezinárodní spolupráci (No.: 04-9-1077-2012/2014 „Investigations of Induction and Repair Mechanisms After Action of Ionizing Radiation of Different Qualities). V řešení od 2012 doposud (Řešitelé: A.E. Krasavin a M. Falk).
• Grant of the Government Plenipotentiary of CR, Chromatin structure modification and DNA repair pathways inhibition as tools to therapeutically increase or decrease cell survival upon the action of ionizing radiation of different quality. Projekt v rámci tematického programu JINR pro výzkum aProjekt v rámci tematického programu JINR pro výzkum a mezinárodní spolupráci (No.: 04-9-1077-2012/2014 „Investigations of Induction and Repair Mechanisms After Action of Ionizing Radiation of Different Qualities). V řešení od 2012 doposud (Řešitelé: A.E. Krasavin a M. Falk).
  - Některé další projekty, včetně mezinárodních (výběr):
  
• GAAV IBS5004010 Development of new diagnostic tools for oncology (2000-2004)
• IGA MZ NC6987: Epigenetically controlled changes of gene expression in tumor diseases (2002-2004)
• GAČR GA202/02/0804: Estimation of the radiation risk for chronic myeloid leukemia development based on the distance measuring between ABL and BCR genes in hematopoietic cells (2002-2004)
• GAAV ČR IAA5004306: The structure of the human genome (2003-2007)
• GAČR GA202/04/0907: Live cell high-resolution microscopy (2004-2006)
•  6th EU Frame program LSHG-CT-2003-503441: 3D Genome structure and function (principal investigator Prof. Roel van Driel, Uni Amsterdam) (2004-2006)
• COST 405 (MŠMT 1P05OC084): Dynamic structure and function of the cell nucleus after irradiation. Accomplished as excellent (excellent results with international importance) (2005-2007)
• AVČR - Podpora projektů cíleného výzkumu (Národní program výzkumu) 1QS500040508: Histone H3 methylation in granulocytes as a prognostic marker of chronic myeloid leukemia remission (2005-2009)
• MŠMT LC535: Dynamics and organization of chromosomes during cell cycle in norm and pathology (2005-2009)
• GAČR: P302/10/1022, Chromatin dynamics during DNA repair (2010-2015)
• The Project of Excellence MŠMT LC535: Dynamics and Organization of Chromosomes in the Cell Cycle and during Differentiation under Normal and Pathological Conditions (2012-2018)
• OPVK CZ.1.07: Development of human resources in the field of cell biology (2012-2015)
  Zvané přednášky - viz odstavec "Ocenění vědeckou komunitou"

Akademické stáže

• 2002: Joint Institute for Nuclear Research (JINR), Ruská akademie věd, Dubna, Rusko (Prof. Dr. E.A. Krasavin)
• 2008: Kurz Státního úřadu pro jadernou bezpečnost (pořádaný ČEZ, Brno) pro přípravu na Státní zkoušku zvláštní odborné způsobilosti k vykonávání činností zvláště důležitých z hlediska radiační ochrany.
• 2008: Kurz „Real-time PCR course“ pořádaný TATAA biocentrem (Švédsko) v Praze
• 2011: Brunel University London, Dpt. of Biomedical Sciences, Londýn, Velká Británie (Assoc. Prof. Rhona Anderson, Ph.D.)
• 2011: Joint Institute for Nuclear Research, Russian Academy of Sciences, Dubna, Rusko (Prof. Dr. E.A. Krasavin, Doc. Ing. Ivan Štekl, CSc.)
• 2016-doposud: průběžné pracovní pobyty na Kirchhoff Institut für Physik, Heidelberg, Německo (with Prof. Michael Hausmann)

Členství ve vědeckých společnostech a radách

• Vědecký sekretář společnosti SRKP (Společnost pro radiobiologii a krizové plánování České lékařské společnosti JE Purkyně)
• European Radiation Research Society (ERRS)
• Gregor Mendel Genetical Society (GSGM)
• Czech Microscopic Association
• Czech Society for Cell Biology
• CANAM (Center of Accelerators and Nuclear Analytical Methods) Committee Member
• Editorial Board of ISRN Genetics
• Editorial Board of International Journal of Radiology
• Editorial Board of Journal of Biochemistry and Biophysics
• Editorial Board of Frontiers in Physics
• Czech Republic national delegate in the European Cooperation in Science and Technology, project Nano-IBCT (2010-2014)

Ocenění vědeckou komunitou

• Ocenění vědeckou komunitou:
  
• 2015: Young Investigators Travel Award, 15th International Congress of Radiation Research (ICRR 2015), Kyoto, Japan.
• 2009: The Premium of Otto Wichterle for outstanding young scientists, devoted by the Academy of Sciences of CR.
• 2008: Second place (not administrated) in the competition for the New England Biolabs Poster Prize, Biochemical Society Annual Symposium – DNA Damage: From Causes to Cures, December 15-17, 2008, Cambridge, Great Britain, for presented results: Direct visualization of DSB induction and repair in gene dense (RIDGE) and gene poor (anti-RIDGE) chromatin domains.
• 2008: The Prize of Deutsche Gesellchaft für DNA-Reparaturforschung (DGDR), 10th Biennial Meeting of the DGDR, Berlin, Germany: Devoted for results obtained at the field of DNA repair: “Different sensitivity and response of functionally distinct chromatin domains to DSB induction”
• 2004: The Prize of Institute of Biophysics of ASCR for excellent young scientists.
• Vybrané zvané přednášky:
  
• 1. Pelicci P.G., PML-RAR − A Model to Cure Leukemia. Salk Institute, Nature and IPSEN Foundation Conference on Biological Complexity: Diseases of Transcription. January 11-14, 2007, Salk Institute, La Jolla, CA, USA.
• 2. Falk M., Lukasova E., Kozubek S.: The role of higher-order chromatin structure and nuclear topography in DSB induction, repair and chromatin translocation. ESF-EMBO Symposium: Spatio-Temporal Radiation Biology: Transdisciplinary Advances for Biomedical Applications, 16-21 May 2009, Hotel Eden Roc, Sant Feliu de Guixols (Costa Brava), Spain
• 3. Falk M., Lukasova E., Bacikova A., Kozubek S.: The role of chromatin structure in DNA damage and its monitoring. ERR09 – Prague, 37th Annual Meeting of the European Radiation Research Society, 26-29th August 2009, Prague, Czech Republic.
• 4. Falk M., Lukášová E., Kozubek S., Štefančíková L. Higher-order chromatin structure in DNA double-strand break induction, repair and formation of chromosomal translocations. Brunel University (Invited by Dr. Rhona Anderson), June 29 - July 1, 2011, London, Great Britain.
• 5. Falk M., Lukášová E., Kozubek S., Štefančíková L. Higher-order chromatin structure in DNA double-strand break induction, repair and formation of chromosomal translocations. The ARR & UKEMS Joint Annual Meeting, June 29 - July 1, 2011, Nottingham University, Jubilee Campus, Nottingham, Great Britain.
• 6. Falk M., Lukášová E., Kozubek S., Štefančíková L., Weiterová L. Induction, repair and misrepair of DNA double-strand breaks (DSBs) in the context of higher-order chromatin structure. The 14th International Congress of Radiation Research, 28.08 - 01.09.2011, Warsaw, Poland.
• 7. Lukášová E., Kořistek Z., Klabusay M., Ondřej V., Grigoryev S., Bačíková A., Řezáčová M., Vávrová J., Kohútová V., (presented by) Falk M., Kozubek S. DNA damage and repair in the context of chromatin structure and function - the influence of cell differentiation and quality of ionizing radiation. 13th International Workshop on Radiation Damage to DNA, June 14-18, 2014, Massachusetts Institute of Technology (M.I.T.), Cambridge, MA, USA.
• 8. Štefančíková L., Lacombe S., Salado D., Porcel E., Pagáčová E., Tillement O., Lux F., Depeš D., Falková I., Bačíková A., Kozubek S., and Falk M (presenting author). The mechanism of metal nanoparticle-mediated radiosensitization of tumor cells may be independent of DNA damage amplification and DNA repair inhibition. 7th World Nano Conference, June 20-21, 2016, Cape Town, South Africa. (Falk M presenting author, Invited)
• 9. Falk M. Towards a complex view on DNA damage and repair – epigenetic and spatio-temporal aspects. 2nd International Conference on Systems and Synthetic Biology, August 18-20, 2016 London, UK. (Plenary Lecture, invited)
• 10. Falk M. Chromatin structure and chromosomal rearrangements in CD34+ cells and lymphocytes from Myelodysplastic syndromes (MDS) patients. 6th International Conference on Genomics & Pharmacogenomics September 12-14, 2016, Berlin, Germany. (Keynote lecture)
• 11. Falk M. Detection of DSB repair foci as a potent tool in biodosimetry and cancer research. Future Forces Forum (NATO), Medical Workshop, October 20, 2016, Prague, Czech Republic (invited).
• 12. Falk M et al. Tumor cell radiosensitization-ion beams and metal nanoparticles. 3rd International Conference on Systems and Synthetic Biology, July 20-21, 2017, Munich, Germany. (Keynote lecture)
• 13. Falk M et al. Metal nanoparticles in tumor cell radiosensitization. INTERNATIONAL CONFERENCE ON FUNCTIONAL NANOMATERIALS AND NANODEVICES, 24-27 September 2017, Budapest, Hungary
• 14. Falk M. Sensitive monitoring of DNA damage and repair in biodosimetry and cancer research. The Research Institute of Nuclear Engineering, University of Fukui, 15-23 March 2017, Tsuruga, Japan.
• 15. DNA damage and repair in normal and tumor cells upon cell exposure to ionizing radiation of different quality. BIT’s 8th Annual World Congress of Molecular & Cell Biology-2018, October 16-18, 2018, Fukuoka, Japan.

Vybrané publikace

• KRATOCHVÍLOVÁ, Irena, O KOPEČNÁ, A BAČÍKOVÁ, E PAGÁČOVÁ, I FALKOVÁ, S E FOLLETT, K W Varga K ELLIOTT, M GOLAN a Martin FALK. Changes in Cryopreserved Cell Nuclei Serve as Indicators of Processes during Freezing andThawing. Langmuir. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 1155 16TH ST, NW, WASHINGTON, DC 20036 USA, 2019, roč. 35, č. 23, s. 7496-7508. ISSN 0743-7463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.langmuir.8b02742. URL info
• HOFER, Michal, Z HOFEROVÁ a Martin FALK. Brief story on prostaglandins, inhibitors of their synthesis, hematopoiesis, and acute radiationsyndrome. Blood Cells, Molecules and Diseases. Orlando, Florida: Academic Press, 2019, roč. 24, č. 22, s. art. no. 4019. ISSN 1079-9796. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules24224019. URL info
• JEZKOVA, L, M ZADNEPRIANETC, E KULIKOVA, E SMIRNOVA, T BULANOVA, Daniel DEPEŠ, Iva FALKOVÁ, A BOREYKO, E KRASAVIN, M DAVIDKOVA, Stanislav KOZUBEK, O VALENTOVA a Martin FALK. Particles with similar LET values generate DNA breaks of different complexity and reparability: a high-resolution microscopy analysis of gamma H2AX/53BP1 foci. NANOSCALE. CAMBRIDGE: ROYAL SOC CHEMISTRY, 2018, roč. 10, č. 3, s. 1162-1179. ISSN 2040-3364. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/c7nr06829h. URL info
• FALK, Martin, I FALKOVÁ, O KOPEČNÁ, A BAČÍKOVÁ, E PAGÁČOVÁ, D ŠIMEK, M GOLAN, Stanislav KOZUBEK, M PEKAROVÁ, Follett SE, B KLEJDUS, Elliott KW, K VARGA, O TEPLÁ a I KRATOCHVÍLOVÁ. Chromatin architecture changes and DNA replication fork collapse are critical features in cryopreserved cells that are differentially controlled by cryoprotectants. Scientific reports. London: NATURE PUBLISHING GROUP, 2018, roč. 8, č. 1, s. Article number 14694. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-018-32939-5. URL info
• BOBKOVA, E, D DEPES, J-Ho LEE, L JEZKOVA, I FALKOVA, E PAGACOVA, O KOPECNA, M ZADNEPRIANETC, A BACIKOVA, E KULIKOVA, E SMIRNOVA, T BULANOVA, A BOREYKO, E KRASAVIN, F WENZ, F BESTVATER, G HILDENBRAND, M HAUSMANN a Martin FALK. Recruitment of 53BP1 proteins for DNA repair and persistence of repair clusters differ for cell typesas detected by single molecule localization microscopy. International Journal of Molecular Sciences. Basel: Multidisciplinary Digital Publishing Institute, 2018, roč. 19, č. 12, s. art. no. 3713. ISSN 1422-0067. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/ijms19123713. URL info
• DEPEŠ, Daniel, Jin-Ho LEE, Elizaveta BOBKOVA, Lucie JEZKOVA, Iva FALKOVA, Felix BESTVATER, Eva PAGACOVA, Olga KOPECNA, Mariia ZADNEPRIANETC, Alena BACIKOVA, Elena KULIKOVA, Elena SMIRNOVA, Tatiana BULANOVA, Alla BOREYKO, Evgeny KRASAVIN, Michael HAUSMANN a Martin FALK. Single-molecule localization microscopy as a promising tool for gamma H2AX/53BP1 foci exploration. The European Physical Journal D. New York: Springer, 2018, roč. 72, č. 9, s. 1-11. ISSN 1434-6060. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1140/epjd/e2018-90148-1. Full Text info
• HOFER, M, Z HOFEROVA, Daniel DEPEŠ a Martin FALK. Combining Pharmacological Countermeasures to Attenuate the Acute Radiation Syndrome-A Concise Review. Molecules. BASEL: Mayer und Muller, 2017, roč. 22, č. 5, 14 s. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules22050834. URL info
• HOFER, Michal, Z HOFEROVÁ a Martin FALK. Pharmacological modulation of radiation damage. Does it exist a chance for other substances thanhematopoietic growth factors and cytokines? International Journal of Molecular Sciences. Basel: Multidisciplinary Digital Publishing Institute, 2017, roč. 18, č. 7, s. art. no. 1385. ISSN 1422-0067. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/ijms18071385. URL info
• LUKÁŠOVÁ, Emilie, Aleš KOVAŘÍK, A BAČÍKOVÁ, Martin FALK a Stanislav KOZUBEK. Loss of lamin B receptor is necessary to induce cellular senescence. Biochemical Journal. 2017, roč. 474, č. 2, s. 281-300. ISSN 0264-6021. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1042/BCJ20160459. URL info
• KRATOCHVÍLOVÁ, I, M GOLAN, K POMEISL, J RICHTER, S SEDLÁKOVÁ, J ŠEBERA, J MIČOVÁ, Martin FALK, I FALKOVÁ, D ŘEHA, K W ELLIOTT, K VARGA, S E FOLLETT a D ŠIMEK. Theoretical and experimental study of the antifreeze protein AFP752, trehalose and dimethylsulfoxide cryoprotection mechanism: correlation with cryopreserved cell viability. RSC Advances. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2017, roč. 7, č. 1, s. 352-360. ISSN 2046-2069. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/c6ra25095e. URL info
• HOFER, Michal, Martin FALK, Denisa KOMŮRKOVÁ, Iva FALKOVÁ, Alena BAČÍKOVÁ, Bořivoj KLEJDUS, Eva PAGÁČOVÁ, Lenka ŠTEFANČÍKOVÁ, Lenka WEITEROVÁ, Karel J. ANGELIS, Stanislav KOZUBEK, Ladislav DUŠEK a Štefan GALBAVÝ. Two New Faces of Amifostine: Protector from DNA Damage in Normal Cells and Inhibitor of DNA Repair in Cancer Cells. Journal of Medicinal Chemistry. Washington: American Chemical Society, 2016, roč. 59, č. 7, s. 3003-3017. ISSN 0022-2623. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5b01628. info
• ŠTEFANČÍKOVÁ, Lenka, S LACOMBE, D SALADO, E PORCEL, Eva PAGÁČOVÁ, O TILLEMENT, François LUX, Daniel DEPEŠ, Stanislav KOZUBEK a Martin FALK. Effect of gadolinium-based nanoparticles on nuclear DNA damage and repair in glioblastoma tumor cells. JOURNAL OF NANOBIOTECHNOLOGY. LONDON: BIOMED CENTRAL LTD, 2016, roč. 14, 15 s. ISSN 1477-3155. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12951-016-0215-8. URL info
• FALK, Martin, Emilie LUKÁŠOVÁ, Lenka ŠTEFANČÍKOVÁ, E BARANOVÁ, I FALKOVÁ, L JEŽKOVÁ, M Bačíková A DAVÍDKOVÁ, J VACHELOVÁ, A MICHAELIDESOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Heterochromatinization associated with cell differentiation as a model to study DNA double strandbreak induction and repair in the context of higher-order chromatin structure. Applied Radiation and Isotopes. Elsevier, 2014, roč. 83, s. 177-185. ISSN 0969-8043. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.apradiso.2013.01.029. info
• JEŽKOVÁ, L, Martin FALK, I FALKOVÁ, M DAVÍDKOVÁ, A BAČÍKOVÁ, Lenka ŠTEFANČÍKOVÁ, J Michaelidesová A VACHELOVÁ, Emilie LUKÁŠOVÁ, A BOREYKO, E KRASAVIN a Stanislav KOZUBEK. Function of chromatin structure and dynamics in DNA damage, repair and misrepair: γ-rays andprotons in action. Applied Radiation and Isotopes. Elsevier, 2014, roč. 83, s. 128-136. ISSN 0969-8043. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.apradiso.2013.01.022. info
• SEVCIK, J, Martin FALK, L MACUREK, P KLEIBLOVA, F LHOTA, J HOJNY, L STEFANCIKOVA, M Bartek J JANATOVA, J STRIBRNA, Z HODNY, L JEZKOVA, P POHLREICH a Z KLEIBL. Expression of human BRCA1δ17-19 alternative splicing variant with a truncated BRCT domain inMCF-7 cells results in impaired assembly of DNA repair complexes and aberrant DNA damageresponse. Cellular Signalling. Elsevier Science, 2013, roč. 25, č. 5, s. 1186-1193. ISSN 0898-6568. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.cellsig.2013.02.008. info
• LUKÁŠOVÁ, E, Zdeněk KOŘÍSTEK, M KLABUSAY, Vladan ONDŘEJ, S GRIGORYEV, A BAČÍKOVÁ, M ŘEZÁČOVÁ, Martin FALK, J VÁVROVÁ, V KOHÚTOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Granulocyte maturation determines ability to release chromatin NETs and loss of DNA damageresponse; these properties are absent in immature AML granulocytes. Biochimica et biophysica acta : Molecular Cell Research. Amsterdam: Elsevier, 2013, roč. 1833, č. 3, s. 767-779. ISSN 0167-4889. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bbamcr.2012.12.012. info
• SEVCIK, J, Martin FALK, P KLEIBLOVA, Filip LHOTA, Lenka ŠTEFANČÍKOVÁ, Martina JANÁTOVÁ, Lenka WEITEROVÁ, Emilie LUKÁŠOVÁ, Stanislav KOZUBEK, Petr POHLREICH a Zdeněk KLEIBL. The BRCA1 alternative splicing variant delta14-15 with an in-frame deletion of part of the regulatory serine-containing domain (SCD) impairs the DNA repair capacity in MCF-7 cells. Cellular Signalling. 2012, 24 (5), s. 1023-1030. ISSN 0898-6568. URL info
• LUKÁŠ, Zdeněk, Martin FALK, Josef FEIT, Ondřej SOUČEK, Iva FALKOVÁ, Lenka ŠTEFANČÍKOVÁ, Eva JANOUŠOVÁ, Lenka FAJKUSOVÁ, Jana ZAORÁLKOVÁ a Renata HRABÁLKOVÁ. Sequestration of MBNL1 in tissues of patients with myotonic dystrophy type 2. Neuromuscular Disorders. London: Elsevier, 2012, roč. 22, č. 7, s. 604-616. ISSN 0960-8966. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.nmd.2012.03.004. URL info
• FALK, Martin, Emilie LUKÁŠOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Repair mechanisms of DNA double-strand breaks – Biochemical and Spatio-Temporal Aspects. In Radiation Damage in Biomolecular Systems. Dordrecht, Heidelberg, London, New York: Springer Science+Business Media, 2012, s. 329-359. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-94-007-2564-5_20. info
• FALK, Martin, E LUKÁŠOVÁ, Lenka ŠTEFANČÍKOVÁ, Lenka WEITEROVÁ, A BAČÍKOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Function of Chromatin Structure and Dynamics in DNA Damage, Repair and Misrepair; in press. In Book of Proceedings, American Institute of Physics [AIP]. 2012. info
• SOUČEK, Ondřej, Stanislav VOHÁŇKA, Jana ZAORÁLKOVÁ, Iva FALKOVÁ, Renata HRABÁLKOVÁ, M. FALK a Zdeněk LUKÁŠ. Sequestration of MBNL1 Protein by Mutant ZNF9 mRNA in Lymphocytes of Patients with Myotonic Dystrophy Type 2. Česká a Slovenská neurologie a neurochirurgie. Praha: Česká lékařská společnost J.E.Purkyně, 2012, roč. 75, č. 5, s. 606-609. ISSN 1210-7859. info
• ŠEVČÍK, Jan, Filip LHOTA, Petra KLEIBLOVÁ, Jan HOJNÝ, Martin FALK, Lenka ŠTEFANČÍKOVÁ, O MĚŠŤÁK, D PAVLIŠTA, P POHLREICH a Zdeněk KLEIBL. Alternative splicing of BRCA1 - desired tool for DNA repair regulation or “messy garbage” of splicing events? In Genes, Genetics & Genomics 2012 (G3 2012), May 10th-11th, 2012, the First Faculty of Medicine, Charles University, Prague, Czech RepublicIn: Book of Abstracts (další údaje nedostupné). 2012. info
• FALK, Martin, Emilie LUKÁŠOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Higher-order chromatin structure in DSB induction, repair and misrepair. Mutation Research - Reviews in Mutation Research. 2010, 704 (1-3), s. 88-100. URL info
• FALK, Martin, Emilie LUKÁŠOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Chromatin structure influences the sensitivity of DNA to gamma-radiation. Biochimica et biophysica acta : Molecular Cell Research. Amsterdam: Elsevier, 2008, roč. 1783, č. 12, s. 2398-2414. ISSN 0167-4889. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bbamcr.2008.07.010. info
• FALK, Martin, Emilie LUKÁŠOVÁ, Barbora GABRIELOVÁ, Vladan ONDŘEJ a Stanislav KOZUBEK. Chromatin dynamics during DSB repair. Biochimica et Biophysica Acta, Molecular Cell Research. Amsterdam: Elsevier, 2007, roč. 1773, č. 10, s. 1534-1545. ISSN 0167-4889. info
• PELICCI, P G. PML-RAR − A Model to Cure Leukemia. In Salk Institute, Nature and Foundation IPSEN Conference on Biological Complexity: Diseases of Transcription. 11. – 14. ledna, 2007, Salk Institute, La Jolla, CA, USA (Invited Lecture). 2007. info
• FALK, Martin, Emilie LUKÁŠOVÁ, Barbora GABRIELOVÁ, Iva KROUPOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Nuclear Organization and Dynamics of the DSB-repair: Direct Visualization of Double Strand Breaks in Functionally Different Chromatin Domains. In Salk Institute, Nature and Fondation IPSEN Conference on Biological Complexity: Diseases of Transcription, 11. – 14. ledna, 2007, Salk Institute, La Jolla, Kalifornie, USA.In: Book of Abstracts, p. 46. 2007. info
• ONDŘEJ, Vladan, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Martin FALK, Pavel MATULA, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Directional motion of foreign plasmid DNA to nuclear HP1 foci. Chromosome Research. Dordrecht: Springer, 2006, roč. 14, č. 5, s. 505-514. ISSN 0967-3849. info
• LUKÁŠOVÁ, Emilie, Zdeněk KOŘÍSTEK, Martin FALK, Stanislav KOZUBEK, Sergei GRIGORYEV, Michal KOZUBEK, Vladan ONDŘEJ a Iva KROUPOVÁ. Methylation of histones in myeloid leukemias as a potential marker of granulocyte abnormalities. Journal of Leukocyte Biology. New York: Society for Leukocyte Biology, 2005, roč. 77, č. 1, s. 100-111. ISSN 0741-5400. info
• LUKÁŠOVÁ, Emilie, Stanislav KOZUBEK, Martin FALK, Michal KOZUBEK, Jan ŽALOUDÍK, Václav VAGUNDA a Zdeněk PAVLOVSKÝ. Topography of genetic loci in the nuclei of cells of colorectal carcinoma and adjacent tissue of colonic epithelium. Chromosoma. Berlin: Springer-Verlag, 2004, roč. 112, č. 5, s. 221-230. ISSN 0009-5915. info
• FALK, Martin, Urshula FROSTER a Marie VOJTÍŠKOVÁ. Metodické možnosti stanovení počtu CTG/CAG opakování v trinukleotidových repeticích lidského genomu. Časopis lékařů českých. Czech republic: Česká lékařská společnost JEP Praha, 2003, roč. 142, č. 10, s. 513-518. info
• KOZUBEK, Stanislav, Emilie LUKÁŠOVÁ, Pavla JIRSOVÁ, Irena KOUTNÁ, Michal KOZUBEK, Alena GAŇOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Martin FALK a Renata TASLEROVÁ. 3D Structure of the human genome: Order in randomness. Chromosoma. Berlin: Springer-Verlag, 2002, roč. 111, č. 5, s. 321-331. ISSN 0009-5915. info
• FALK, Martin, Emilie LUKÁŠOVÁ, Stanislav KOZUBEK a Michal KOZUBEK. Topography of genetic elements of X-chromosome relative to the cell nucleus and to the chromosome X territory determined for human lymphocytes. Gene. Amsterdam: Elsevier, 2002, roč. 292, č. 1, s. 13-24. ISSN 0378-1119. info
• LUKÁŠOVÁ, Emilie, Stanislav KOZUBEK, Michal KOZUBEK, Martin FALK a Jana AMRICHOVÁ. The 3D structure of human chromosomes in cell nuclei. Chromosome Research. Dordrecht: Kluwer Academic, 2002, roč. 10, č. 7, s. 535-548. ISSN 0967-3849. info

27. 8. 2018