Informace o projektu
Hostitelský mikrobiom ve vztahu k rozvoji Barrettova jícnu a adenokarcinomu jícnu
- Kód projektu
- NU20-03-00126
- Období řešení
- 5/2020 - 12/2023
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo zdravotnictví ČR
- Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2020 - 2026
- Podprogram 1 - standardní
- Fakulta / Pracoviště MU
- Lékařská fakulta
- Další fakulta/pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
- Spolupracující organizace
-
Fakultní nemocnice Olomouc
- Odpovědná osoba Doc. MUDr. Ondřej Urban, Ph.D.
- Odpovědná osoba MUDr. Tomáš Haruštiak, Ph.D.
- Odpovědná osoba prof. MUDr. Robert Lischke, Ph.D.
- Odpovědná osoba Štěpán Hlava
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Radek Kroupa, Ph.D.
- Odpovědná osoba MUDr. Tomáš Grolich, Ph.D.
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Lumír Kunovský, Ph.D.
- Odpovědná osoba Zdeněk Pavlovský
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Jiří Dolina, Ph.D.
- Odpovědná osoba doc. MUDr. Vladimír Procházka, Ph.D.
- Odpovědná osoba prof. MUDr. Zdeněk Kala, CSc.
Hostitelský mikrobiom spolu s genetickou predispozicí jedince jsou důležitými faktory
v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem projektu je determinace markerů na úrovni mikrobiomu, genů hostitele a jejich interakcí pro časnější diagnostiku a predikci rozvoje BE a EAC.
Projekt obsahuje 3 části: (1) analýzu metagenomu a metatranskriptomu v několika lokalitách
gastrointestinálního traktu (GIT) u pacientů s GERD, (2) analýzu hostitelského exomu a transkriptomu ve tkáni jícnu u pacientů s BE/EAC, a (3) analýzu genetického profilu pacientů s GERD a jeho komplikacemi. Mutace v exomu/genomu pacienta a míra exprese genů ve tkáni jícnu budou korelovány s mikrobiomem a jeho funkční aktivitou v GITu a klinickým nálezem doplněným o in vivo endomikroskopii.
Na základě získaných dat se pokusíme navrhnout modifikaci standardního režimu péče o pacienty s GERD s cílem předejít pokročilým a ireverzibilním změnám snižujícím kvalitu života pacientů, resp. ohrožujících je na životě.
Cíle udržitelného rozvoje
Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.
Publikace
Počet publikací: 30
2023
-
16S rRNA gene primer choice impacts off-target amplification in human gastrointestinal tract biopsies and microbiome profiling
Nature Scientific Reports, rok: 2023, ročník: 13, vydání: 1, DOI
-
Asociace tkáňové exprese miR-196a s Barrettovým jícnem a adenokarcinomem jícnu
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Association of CDX2 haplogenotype with risk of reflux esophagitis, Barrett´s esophagus, and esophageal adenocarcinoma development
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Association of relative abundance of Helicobacteraceae in the stomach in patients with esophageal adenocarcinoma
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Comparison of sequencing analyses targeting the V1/V2 and V3/V4 regions in the 16S rDNA gene – analysis of bacteriome in oral swabs and esophageal tissues
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Microbiome and pharmacotherapy in patients with gastrointestinal disorders
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Non-invasive approaches for esophageal microbiota analysis: a pilot study
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
The association between duration of and indications for proton pump inhibitor use and risk of gastric polyps
EUROPEAN JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY & HEPATOLOGY, rok: 2023, ročník: 35, vydání: 8, DOI
-
Transcriptomic analysis of esophageal tissues and potential biomarkers for differential diagnostics of Barrett´s mucosa and esophageal adenocarcinoma
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
Verification of diagnosis using CDX2 gene expression in esophageal fresh frozen tissue
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty