Projekt je zaměřen na detekci nozokomiálních patogenů (multirezistentní pseudomonády, methicilin rezistentní S. aureus aj.), anaerobních mikrobů a tzv. low-grade patogenů jako je Cutibacterium acnes. Projekt se zabývá jejich diagnostikou komplexně, s důrazem na optimalizaci diagnostických schémat i návrh a ověřování nových identifikačních a typizačních metod, a to včetně molekulárně-biologických postupů a metod založených na kapilární elektroforéze a spektroskopických metodách ( Ramanova spektrometrie, hmotnostní spektrometrie). Projet se též zaměřuje na hodnocení klinického významu těchto agens, odlišení kontaminant, a to na základě sledováním klinicko-epidemiologických souvislostí a průkazem faktorů virulence. Součástí projektu je také hledání nových preventivních a terapeutických přístupů u těchto infekcí, včetně využití bakteriofágů a nových antimikrobiálních látek, jako jsou katelicidiny a kannabinoidy a další.