prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2017

• Folding of guanine quadruplex molecules-funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies.

  ŠPONER Jiří BUSSI Giovanni STADLBAUER Petr KUHROVA Petra BANÁŠ Pavel ISLAM Barira HAIDER Shozeb NEIDLE Stephen OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, rok: 2017, ročník: 1861, vydání: 5, DOI

• How to understand atomistic molecular dynamics simulations of RNA and protein-RNA complexes?

  ŠPONER Jiří KREPL Miroslav BANÁŠ Pavel KUHROVA P ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr HAVRILA Marek OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA, rok: 2017, ročník: 8, vydání: 3, DOI

• Channeling through Two Stacked Guanine Quartets of One and Two Alkali Cations in the Li+, Na+, K+, and Rb+ Series. Assessment of the Accuracy of the SIBFA Anisotropic Polarizable Molecular Mechanics Potential

  GRESH Nohad NASEEM-KHAN Sehr LAGARDERE Louis PIQUEMAL Jean-Philip ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2017, ročník: 121, vydání: 16, DOI

• MD and QM/MM Study of the Quaternary HutP Homohexamer Complex with mRNA, L-Histidine Ligand, and Mg2+

  POKORNÁ Pavlína KREPL Miroslav KRUSE Holger ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2017, ročník: 13, vydání: 11, DOI

• rRNA C-Loops: Mechanical Properties of a Recurrent Structural Motif

  DRSATA Tomas RÉBLOVÁ Kamila BESSEOVA Ivana ŠPONER Jiří LANKAS Filip

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2017, ročník: 13, vydání: 7, DOI

• Selectivity of major isoquinoline alkaloids from Chelidonium majus towards telomeric G-quadruplex: A study using a transition-FRET (t-FRET) assay

  NOUREINI Sakineh Kazemi ESMAEILI Hosein ABACHI Farzane KHIALI Soraia ISLAM Barira KUTA Martyna SABOURY Ali A. HOFFILLANN Marcin ŠPONER Jiří PARKINSON Gary HAIDER Shozeb

  Článek v odborném periodiku

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, rok: 2017, ročník: 1861, vydání: 8, DOI

• Structural study of the Fox-1 RRM protein hydration reveals a role for key water molecules in RRM-RNA recognition.

  KREPL Miroslav BLATTER Markus CLERY Antoine DAMBERGER Fred F ALLAIN Frederic H T ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2017, DOI

• Structure of a Stable G-Hairpin

  GAJARSKÝ Martin ZIVKOVIC Martina Lenarcic STADLBAUER Petr PAGANO Bruno FIALA Radovan AMATO Jussara TOMASKA L´ubomir ŠPONER Jiří PLAVEC Janez TRANTÍREK Lukáš

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2017, ročník: 139, vydání: 10, DOI

• Study of Fox-1 and SRSF1 RRMs - the molecular recognition and hydration

  KREPL Miroslav CLERY Antoine BLATTER Markus ALLAIN Frederic ŠPONER Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty

2016

• Assessing the Current State of Amber Force Field Modifications for DNA

  GALINDO-MURILLO Rodrigo ROBERTSON James C. ZGARBOVÁ Marie ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal JUREČKA Petr CHEATHAM Thomas E.

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2016, ročník: 12, vydání: 8, DOI