prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2013

• Theoretical studies of the mechanism of 2-aminooxazole formation under prebiotically plausible conditions

  SZABLA Rafal Kazimierz ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří GORA Robert W.

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 20, DOI

• Toward Improved Description of DNA Backbone: Revisiting Epsilon and Zeta Torsion Force Field Parameters

  ZGARBOVA Marie LUQUE Javier F. ŠPONER Jiří CHEATHAM Thomas E III OTYEPKA Michal JUREČKA Petr

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2013, ročník: 9, vydání: 5, DOI

2012

• A Novel Approach for Deriving Force Field Torsion Angle Parameters Accounting for Conformation-Dependent Solvation Effects

  ZGARBOVÁ Marie JAVIER LUQUE F. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal JUREČKA Petr

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 9, DOI

• Can We Accurately Describe the Structure of Adenine Tracts in B-DNA? Reference Quantum-Chemical Computations Reveal Overstabilization of Stacking by Molecular Mechanics

  BANÁŠ Pavel MLÁDEK Arnošt OTYEPKA Michal ZGARBOVA Marie JURECKA Petr SVOZIL Daniel LANKAŠ Filip ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 7, DOI

• Comment on "Computational Model for Predicting Experimental RNA and DNA Nearest-Neighbor Free Energy Rankings"

  ŠPONER Jiří MORGADO Claudio A SVOZIL Daniel

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 28, DOI

• Formamide-Based Prebiotic Synthesis of Nucleobases: A Kinetically Accessible Reaction Route

  ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt ŠPONER Jiří FUENTES-CABRERA Miguel

  Článek v odborném periodiku

  The Journal of Physical Chemistry A, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 1, DOI

• How does hydroxyl introduction influence the double helical structure: the stabilization of an altritol nucleic acid: ribonucleic acid duplex

  OVAERE Margriet ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit HERDEWIJN Piet VAN MEERVELT Luc

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2012, ročník: 40, vydání: 15, DOI

• Chemical Shifts in Nucleic Acids Studied by Density Functional Theory Calculations and Comparison with Experiment

  FONVILLE Judith M SWART Marcel VOKACOVA Zuzana SYCHROVSKY Vladimir ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří HILBERS Cornelis W BICKELHAUPT F Matthias WIJMENGA Sybren S

  Článek v odborném periodiku

  Chemistry - A European Journal, rok: 2012, ročník: 18, vydání: 39, DOI

• Is formamide nature’s choice to create life? Comment on the paper “Formamide and the origin of life” by Raffaele Saladino et al.

  ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  PHYSICS OF LIFE REVIEWS, rok: 2012, ročník: 9, vydání: 1, DOI

• Molecular dynamics simulations of G-DNA and perspectives on the simulation of nucleic acid structures

  ŠPONER Jiří CANG Xiaohui CHEATHAM Thomas E

  Článek v odborném periodiku

  Methods, rok: 2012, ročník: 57, vydání: 1, DOI