prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2012

• Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes

  MORGADO Claudio A SVOZIL Daniel TURNER Douglas H ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2012, ročník: 14, vydání: 36, DOI

• Understanding the Sequence Preference of Recurrent RNA Building Blocks using Quantum Chemistry: The Intrastrand RNA Dinucleotide Platform

  MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit KULHÁNEK Petr LU Xiang-Jun OLSON Wilma K. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 1, DOI

2011

• A-Minor Tertiary Interactions in RNA Kink-Turns. Molecular Dynamics and Quantum Chemical Analysis

  RÉBLOVÁ Kamila ŠPONEROVÁ Judit ŠPAČKOVÁ Naděžda BEŠŠEOVÁ Ivana ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 47, DOI

• NMR cross-­correlated relaxation rates reveal ion coordination sites in DNA

  FIALA Radovan ŠPAČKOVÁ Naděžda FOLDYNOVÁ-TRANTÍRKOVÁ Silvie ŠPONER Jiří SKLENÁŘ Vladimír TRANTÍREK Lukáš

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2011, ročník: 133, vydání: 35, DOI

• Noncanonical Hydrogen Bonding in Nucleic Acids. Benchmark Evaluation of Key Base-Phosphate Interactions in Folded RNA Molecules Using Quantum-Chemical Calculations and Molecular Dynamics Simulations

  ZGARBOVA Marie JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal ŠPONEROVÁ Judit LEONTIS Neocles B. ZIRBEL Craig L. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 41, DOI

• QM/MM Studies of Hairpin Ribozyme Self-Cleavage Suggest the Feasibility of Multiple Competing Reaction Mechanisms

  MLÝNSKÝ Vojtěch BANÁŠ Pavel WALTER Nils G. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 47, DOI

2010

• An RNA Molecular Switch: Intrinsic Flexibility of 23S rRNA Helices 40 and 68 5 '-UAA/5 '-GAN Internal Loops Studied by Molecular Dynamics Methods

  RÉBLOVÁ Kamila STŘELCOVÁ Zora KULHÁNEK Petr BEŠŠEOVÁ Ivana MATHEWS David H. VAN NOSTRAND Keith YILDIRIM Ilyas TURNER Douglas H. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2010, ročník: 2010, vydání: 6

• Conformational Energies of DNA Sugar Phosphate Backbone: Reference QM Calculations and a Comparison with Density Functional Theory and Molecular Mechanics

  MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal SVOZIL Daniel ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2010, ročník: 6/2010, vydání: 12

• Dynamics of the base of ribosomal A-site finger revealed by molecular dynamics simulations and Cryo-EM.

  RÉBLOVÁ Kamila RÁZGA Filip LI Wen GAO Haixiao FRANK Joachim ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2010, ročník: 38, vydání: 4

• Molecular dynamics simulations suggest that RNA three-way junctions can act as flexible RNA structural elements in the ribosome

  BEŠŠEOVÁ Ivana REBLOVA Kamila NEOCLES Leontis SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2010, ročník: 38, vydání: 18