prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2012

• Molecular Dynamics Simulations of RNA Molecules

  ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel RÉBLOVÁ Kamila WALTER Nils

  Kapitola v knize

  Innovations in Biomolecular Modeling and Simulations, vydání: 1. vydání, rok: 2012, počet stran: 27 s.

• Molecular Mechanism of preQ(1) Riboswitch Action: A Molecular Dynamics Study

  BANÁŠ Pavel SKLENOVSKY Petr WEDEKIND Joseph E ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 42, DOI

• On the Road from Formamide Ices to Nucleobases: IR-Spectroscopic Observation of a Direct Reaction between Cyano Radicals and Formamide in a High-Energy Impact Event

  FERUS Martin CIVIS Svatopluk MLÁDEK Arnošt ŠPONER Jiří JUHA Libor ŠPONEROVÁ Judit

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2012, ročník: 134, vydání: 51, DOI

• Reference Simulations of Noncanonical Nucleic Acids with Different chi Variants of the AMBER Force Field: Quadruplex DNA, Quadruplex RNA, and Z-DNA

  KREPL Miroslav ZGARBOVA Marie STADLBAUER Petr OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel KOČA Jaroslav CHEATHAM Thomas E. JURECKA Petr ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 7, DOI

• Simulations of A-RNA Duplexes. The Effect of Sequence, Solute Force Field, Water Model, and Salt Concentration

  BEŠŠEOVÁ Ivana BANÁŠ Pavel KUEHROVA Petra KOSINOVA Pavlina OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 33, DOI

• Structure and mechanical properties of the ribosomal L1 stalk three-way junction

  RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří LANKAŠ Filip

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2012, ročník: 40, vydání: 13, DOI

• The DNA and RNA sugar–phosphate backbone emerges as the key player. An overview of quantum-chemical, structural biology and simulation studies

  ŠPONER Jiří MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit SVOZIL Daniel ZGARBOVÁ Marie BANÁŠ Pavel JUREČKA Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, rok: 2012, ročník: 14, vydání: 44, DOI

• Understanding the role of base stacking in nucleic acids. MD and QM analysis of tandem GA base pairs in RNA duplexes

  MORGADO Claudio A SVOZIL Daniel TURNER Douglas H ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2012, ročník: 14, vydání: 36, DOI

• Understanding the Sequence Preference of Recurrent RNA Building Blocks using Quantum Chemistry: The Intrastrand RNA Dinucleotide Platform

  MLÁDEK Arnošt ŠPONEROVÁ Judit KULHÁNEK Petr LU Xiang-Jun OLSON Wilma K. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 1, DOI

2011

• A-Minor Tertiary Interactions in RNA Kink-Turns. Molecular Dynamics and Quantum Chemical Analysis

  RÉBLOVÁ Kamila ŠPONEROVÁ Judit ŠPAČKOVÁ Naděžda BEŠŠEOVÁ Ivana ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2011, ročník: 115, vydání: 47, DOI